In der Zentralabteilung werden Querschnittsaufgaben für das Ressort, wie beispielsweise Personal, Haushalt, Organisation, IT und Verwaltungsdigitalisierung wahrgenommen. In der Abteilung ist zudem die Verwaltungsbehörde des Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) verortet, die Koordination der Gemeinschaftsaufgabe zur Verbesserung der regionalen Wirtschaftsstruktur (GRW) sowie u.a. Aufgaben der Energie- und Klimaschutzpolitik.